По итогам Федеральной стипендиальной программы 2005 – 2006 учебного года благотворительный фонд В. Потанина составил комплексный рейтинг ведущих российских вузов. По единым методикам в течение всего года проводились конкурсные состязания, что позволило сравнить российские вузы. В качестве критериев отбора фонда В. Потанина были взяты интеллектуальный и личностный потенциал студентов и профессиональный уровень молодых преподавателей. Участниками программы могли стать студенты дневных отделений, имеющие только отличные оценки за две последние сессии, и молодые преподаватели, которых выдвигал ученый совет вуза.
По итогам рейтинга Новосибирский государственный университет вошел в десятку лучших российских вузов и занял шестое место. Первые пять мест в рейтинге заняли Нижегородский государственный лингвистический университет им. Н.А. Добролюбова, Московский инженерно-физический институт (государственный университет) — (МИФИ), Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова, Санкт-Петербургский государственный университет и Санкт-Петербургский государственный политехнический университет.
По сообщению пресс-службы НГУ, в стипендиальной программе фонда приняли участие 67 ведущих государственных вузов из всех федеральных округов. По результатам конкурсных отборов в 2005/06 учебном году стипендиатами стали 1330 студентов, гранты получили 133 молодых преподавателя. В отборах приняли участие 14 906 отличников и 336 преподавателей.
Фонд В. Потанина — это некоммерческая благотворительная организация, которая поддерживает молодую интеллектуальную элиту России. Фонд осуществляет образовательные программы, организует стипендиальные и грантовые программы, а также поддерживает проекты, направленные на сохранение и укрепление традиций культуры.